Automatic Lung CAD

Low dose chest CT漸漸成為趨勢，幾乎是chest X-ray般的輻射劑量，卻提供超多細節，以及chest radiologist的工作量 T_____T

本院chest CT檢查量就像物價一樣漲個不停，打起來最爽快的莫過於cancer follow up，爽點包括：

• 已經有診斷、有治療，定期追蹤看有沒有復發、轉移，大部 分都是post-op changes, non-specific changes，以及一些雜魚tiny stable nodules。
• 有前人打的報告，copy & paste再做些修改。
• 之後會繼續來追蹤，有nodule沒看到，下次總會有機會再看到。
• Multiple bilateral lung metastases最為#無痛，而且可以#秒殺，因為就已經是一堆nodules了啊！

相反地，low dose chest CT可怕之處在於：

• 通常是較健康的人（例如健檢），只有非常少、非常小的nodule
• 因為是健康的人，氣吸很飽，肺變得很大，守備範圍加大…
• 這個檢查要看細切影像（1mm），動輒兩三百張，非常耗神耗眼…
• 萬一沒找到lesion，下次回診時可能已經真的有cancer了，雖然不一定有相關性，但被告的機率感覺比較高，#怕怕der
• 因為low dose，soft tissue看不清楚，liver到底有沒有tumor只能瞎猜

當LDCT成為事實，CAD就是義務！

目前部內的架構是：

• 做完CT → 細切傳至部內RAID（Osirix, iMac）
             ↘ 粗切傳至醫院資訊室PACS

為了自動化CAD，幻想中的流程是

CT → 某台強大電腦運算CAD  ← user query

• 可惜本人image processing很弱，只看paper無法自己拼成可用的程式
• 也是有別人寫好的現成的matlab code，但效果沒有很好…

於是規劃了複雜的流程
CT → RAID → Workstation (CAD) → Orthanc server   ← user query

細節如下：

• 做CT，series name需要改為「LungCARE」，傳至部內RAID
• Osirix設定auto-routing，有「LungCARE」的series會自動傳至#S牌工作站
• 工作站設定「LungCARE」的study自動apply為MM Oncology，而且會在背景先做CAD
• AutoHotkey程式，每天早上三點（所謂三更半夜四下無人）會執行
• 登入
• 篩選「昨天」的「LungCARE」
• 打開study
• Show lung CAD results
• Accept all candidates（本來是要醫師自己到場accept或reject每一個candidate）
• Complete and archive：result會存成一個新的series
• 工作站設定result的series再自動re-routing到自己架的server（Orthanc）

主要的考量包括：

• S牌工作站
• 可以找GGN，accuracy還算OK
• 軟體介面是AutoHotkey可以access到的
• 向工程師要到某種帳號，可以做進階設定
• CAD可以pre-processing，不用現場等，前提是一定要命名為LungCARE
• 其他工作站：
• G牌：本部最舊的，很久沒更新；軟體只能一次處理一個case，無法批次處理；用linux系統，不熟…
• P牌：CAD很弱...
• T牌：介面無法用AutoHotkey抓，不能找GGN或是4mm以下的nodule
• RAID轉運站
• 每一台CT都會傳到RAID，而且Osirix可以設定auto-routing，就不再麻煩放射師要另外傳到工作站
• 缺點是主機老舊，硬碟容量小，其實就是一個外接硬碟而已，還要常常手動更換，和「RAID」完全沾不上邊…
• Orthanc server
• 支援web介面查詢、瀏覽series、基本影像操作（亮度/對比）
• 支援REST API，可以用http request配合json查詢、抓影像

使用者端（chest radiologist們）則用另一個AutoHotkey程式，將下列動作綁在一個hotkey：

• 抓RIS目前報告的病歷號
• 用http request去查自架server是否有符合的result，有的話…
• 在已開啟/新開啟的firefox或chrome打開連結，直接連到web viewer的頁面

目前要再做一個server，針對非LDCT，可以丟一個病歷號過去，然後：

• 從RAID拉影像（用dcm4che）
• 修改series name為「LungCARE」（用ExifTool，或是出動Python）
• 將dicom傳到工作站，等CAD
• 登入工作站，accept candidates，export result
• 回傳通知CAD已完成

雖然很複雜，但目前能力只能做到這樣，希望以後有更好的流程～